Le forum de partenariat se réunit tous les deux ans, rassemblant ainsi un large éventail de dépositaires d'enjeu mondiaux pour traiter des résultats du Fonds mondial et effectuer des recommandations au sujet de sa stratégie et de son efficacité. Le deuxième Forum de partenariat du Fonds mondial aura lieu en juillet 2006. Le premier s'était déroulé en 2004 à Bangkok.

Les participants représentent les bénéficiaires de subventions, la société civile, les gouvernements donateurs et bénéficiaires, les membres du Conseil, les agences de développement, les agences techniques et de recherche, les fondations et le secteur privé. L'objectif est d'engager à la fois ceux qui sont étroitement liés à l'architecture du Fonds mondial et ceux qui ne le sont pas.

Afin de concentrer la discussion et les idées des dépositaires d'enjeu, le Forum de partenariat 2006 abordera quatre thèmes :

1. Architecture du Fonds mondial
2. Accélération des résultats des subventions
3. Harmonisation des subventions avec les priorités nationales et autres partenaires de développement
4. Durabilité du modèle du Fonds mondial et de son financement

Étant donné que tout le monde ne peut pas assister au forum de partenariat, le Fonds mondial utilise plusieurs autres "canaux" pour encourager la discussion et les réactions, qui seront partagées avec les participants lors du Forum 2006.

L'un des "canaux" les plus importants est le cyberforum, qui sera lancé sur le site Web du Fonds mondial le 1er décembre (Journée Mondiale contre le SIDA). Les réunions programmées au niveau régional pendant les mois précédents le forum de partenariat mondial constitueront un autre "canal".