Secrétariat
Le Secrétariat du Fonds mondial est chargé de superviser les opérations internationales, et notamment de mobiliser les ressources auprès des secteurs public et privé, de gérer les subventions, de fournir un soutien financier, juridique et administratif, et de communiquer les informations sur les activités du Fonds 
mondial au Conseil et au public.
Environ 335 personnes de 78 nationalités différentes travaillent au Siège du Secrétariat à Genève en Suisse.
Bien que l'anglais soit la principale langue de travail, les deux-tiers des employés du Fonds mondial maîtrisent le français. Plusieurs autres langues, par exemple, l'espagnol, l'arabe et le russe sont aussi parlées par le personnel.
Le Secrétariat est dirigé par le Dr. Michel Kazatchkine, Directeur exécutif.
Moins de 3% des engagements annuels sont utilisés pour l'administration et la gestion centrales du Fonds mondial chaque année.
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